Chùa Phổ Minh được biết đến là ngôi chùa mang đậm nét kiến trúc Việt, nó là một nền văn hóa tiêu biểu của hào khí Đông A. Theo sử sách ghi lại, vào năm 1308, Phật Hoàng Trần Nhân Tông băng hà ở am Ngọa Vân trên ngọn Tử Phong – Yên Tử (theo Đại Việt Sử Ký toàn thư, kỷ Anh Tông). Sau đó ít lâu, con ngài là vua Anh Tông đã đem 7 trong số 21 hạt xá lợi đặt trong cỗ kiệu bát cống bằng đá rồi xây tháp Phổ Minh lên trên.
Tháp Phổ Minh được xây dựng với đáy hình vuông, gồm 14 tầng, cao 19,5m. Hai tầng dưới làm bằng đá mỗi chiều dài 5,2 m. Các tầng còn lại xây bằng gạch bắt mạch để trần. Mỗi đầu viên gạch có dòng chữ “Hưng – Long thập tam niên” và khắc họa con rồng nổi thời Trần.
Tháp nằm ngay trước tam quan chùa Phổ Minh. Dưới chân tháp còn có những dấu mốc bằng đá. Xưa kia sân chùa có đặt một chiếc vạc đồng rất lớn được xếp vào An Nam Tứ Đại Khí (gồm tháp Báo Thiên, tượng phật chùa Quỳnh Lâm, Vạc Phổ Minh, chuông Quy Điền).
Chùa Phổ Minh gồm các hạng mục: tam quan, ao sen, nhà bia, tháp, sân trước, chùa chính, hành lang, hậu điện, phủ Mẫu, nhà tổ, tăng phòng, khu tháp mộ.
+ Tam quan: dài 8,42m, rộng 8,98m. Thềm bậc gian giữa đặt đôi sóc đá, dưới dạng tượng tròn, chạy dọc theo chiều từ trên xuống. Khung kiến trúc kết cấu kiểu cổ đẳng (2 tầng 4 mái). Trên cổ đẳng, mặt ngoài tam quan treo bức đại tự có 4 chữ Hán “Đại Hùng bảo điện” (Điện báu Đại Hùng).
+ Sân chùa và nhà bia: Trên sân chùa còn có các công trình kiến trúc như: tháp, chân tảng đá cánh sen, cột kinh, cây hương đá mang đặc trưng phong cách nghệ thuật thời Trần, thế kỷ XIII – XIV. Nhà bia có mặt bằng hình vuông, rộng 4m, xây bằng gạch, vữa, kiểu cổ đẳng (2 tầng 8 mái), lợp ngói Nam. Nhà bia phía Tây có bia niên hiệu Cảnh Trị 6 (1668), nhà bia phía Đông có bia niên hiệu Duy Tân 1 (1907).
